El beneficio húmedo es el proceso que continua a la recolección. Aquí se transforma el café cereza en café pergamino y consta de las etapas de recepción de café cereza, despulpe, remoción del mucílago (también conocido como fermentación), lavado y secado del café.

Una vez cosechado y recibido el café cereza, se tiene que despulpar con un máximo de 8 horas después. Una despulpadora de mala calidad generará granos dañados, lo que disminuirá la calidad del café.

En la etapa de fermentación se retira el mucílago que quedó adherido al café pergamino. El tiempo que debe durar la fermentación depende de diferentes factores pero si es muy prolongada puede ocasionar que se formen bacterias, mismas que terminarán mermando la calidad del café.

Una vez terminada la fermentación, se pasa a lavar los granos con agua limpia. 

El proceso de beneficio húmedo concluye una vez que el café es puesto a secar. Este proceso se puede llevar a cabo mediante secadoras mecánicas (para un secado más rápido) o por la manera tradicional que es ponerlo bajo el sol.